關注泰科科技 做模擬不迷路

1

【資料圖】

新功能：

(1)在DPD計算中包括靜電相互作用

(2)使用Martini 3參數自動賦值

(3)將DFTB+應用于一些過渡金屬氧化物

(4)在GULP中使用新型通用力場GFN-FF

2

增強功能：

(1)MESOCITE DPD使用高斯分布賦予珠的電荷，支持靜電相互作用能計算。

(2)MESOCITE和FORSITE分析功能支持從密度場計算結構因子。

(3)CASTEP可對自旋極化(磁)系統的振動特性進行線性響應計算。

(4)MESOCITE和FORSITE分析支持各向異性壓力分析。

(5)腳本可以識別分子和片段的SMILES和化學名稱。使用腳本來分析模擬單元的內容或軌跡過程中不同試劑的變化。

(6)用于處理Protocols的控件現在位于Pipeline Pilot protocols對話框的頂部，以便您可以更輕松地管理對話框的大小和位置。

(7)CASTEP DFT+U不再需要非磁性系統的自旋極化設置，這樣的計算速度至少快兩倍。

(8)COSMO隱式溶劑化模型現在在DFTB+中可用。

(9) Martini 3工具得到了增強，并包含了一個新的MS Martini 3粗粒度函數，該函數從原子模型中生成介觀結構模型，包括基于研究表單的珠映射和力場類型分配。此功能允許您使用自定義的MS Martini 3力場生成介觀結構模型，包括價項。

(10)DMol3文檔中解釋了內嵌晶體軌道哈密頓布局數(Crystal Orbital Hamitonian Populations,COHP)的含義。

(11)GULP“計算鉆石的屬性”教程反映了應用程序的當前狀態。

(12)“Pipeline Pilot協議”對話框報告了Pipeline Pilot服務器上安裝的Materials Studio Collection的版本。

(13)DFTB+服務器更新到22.1。因此，使用DFTB+的調試(客戶端)腳本不再可能。

(14)FORCITE GPU計算支持嵌入式Atom模型。

(15)對FORCITE動態GPU算法的更新，提供了顯著的性能增強。

(16)可以從菜單欄中的“工具”>“Materials Studio腳本”訪問一系列準備好的腳本工具。這些腳本以前作為示例提供，手動添加到用戶菜單。

(17) 可以將GULP中兩體相互作用多項式勢項，擬合到八階。

(18) 通過“Pipeline Pilot Protocols”對話框訪問一組量子化學協議，包括TURBOMOLE工作流。

(19)CASTEP提供了隱式溶劑模型下的力計算。這允許您執行幾何優化、分子動力學和考慮溶劑影響的其他任務。

(20) 新型通用力場GFN-FF的周期性版本在GULP中實現。這是一種完全自動化的極化力場，具有近乎量子力學精度，如J. Gale et al., J. Chem. Theory Comput. 17(2021)7827–7849描述。

(21) 可以將運行在Materials Studio客戶端計算機上的本地網關配置為不使用Apache，同時為本地用戶保留完整的網關功能。

(22) Materials Studio工具欄中CCDC模塊的圖標現在具有更現代的外觀。

(23)可以從Materials Studio菜單欄中的_Tools>Materials Studio scripts_訪問一組準備好的MS Martini 3腳本。

(24) Materials Studio文檔現在有一個新的教程，演示了使用Martini 3工具的聚合物粗粒化從全原子模型開始構建介觀結構，并使用珠映射模板生成自定義MS Martini 3力場。本教程還介紹了如何創建自定義珠映射模板，并使用Mesocite模塊使用使用協議生成的介觀結構和自定義MS Martini 3力場運行動力學模擬。

(25)新的CERIA和TiO2納米參數集為DFTB+中的一些附加金屬氧化物提供了支持。

(26)ONETEP中的混合交換相關函數擴展到3D周期系統，而不僅僅是“盒子中的分子”幾何結構描述。

(27)ONETEP服務器升級到6.1.12版本。

(28)GULP服務器更新到6.1版。

(29)新的教程演示了使用粗粒度方法和生成自定義Martini3力場協議從全原子模型開始構建介觀結構過程，并使用珠映射模板生成自定義MS Martini 3力場。本教程還介紹了如何創建自定義珠映射模板，并使用Mesocite模塊使用協議生成的介觀結構和自定義MS Martini 3力場運行動力學模擬過程。

(30)FlexTS路徑軌跡現在以正確的順序提供。FlexTS中的NEB路徑閾值現在確保了復雜反應路徑的更穩定收斂。DMol3和DFTB+的“計算分子開關的最小能量路徑”教程中的工作流程已經改進。

(31)COMPASSII水模型提供了更準確的擴散系數預測。

(32) 可以在NVIDIA GPU上運行介觀耗散粒子動力學(DPD)計算。

3

修復的缺陷：

(1)當嘗試連接到無響應的Pipeline Pilot服務器時，Materials Studio不再凍結。

(2)Forcite的徑向分布函數分析支持超過65000個原子的系統。

(3) 改進了使用非局部混合泛函的CASTEP應力評估功能。可以使用任何非局部或混合交換-相關函數計算應力并執行需要應力張量的任務(細胞優化、可變細胞分子動力學、彈性常數計算)。當將非局域交換相關泛函應用于絕緣體或半導體時，CASTEP不再使用能量的恒定位移(Hartree-Fock散度校正)。這種發散修正只影響Hartree-Fock計算，其中一個帶穿過費米能級并在電勢中產生奇點。由于這一變化，使用固定電子占用計算的總能量與以前版本的Materials Studio不同。新的結果更加物理化，產生的總能量與應力張量一致。

(4) 不再支持Windows上的PBS Pro排隊系統。

(5) 立方體系應力張量的CASTEP DFT+U計算不再返回不一致的值。

(6)CreateSet函數不再允許您創建具有相同名稱的多個集合。

(7)如果未找到特定空間組的結構，Polymorph預測計算將不再以無用的錯誤消息結束。

(8) 可以調整線性插值生成聲子q點網格，使其與CASTEP聲子計算中的電子k點網格相稱。

(9)在Forcite中使用GPU計算Morse色散相互作用不再給出錯誤的結果。

(10)FlexTS生成的軌跡可以自動監測鍵合情況，以顯示反應。

(11)部署在Materials Studio Gateway中的Apache版本已更新為2.4.54，適用于Windows和Linux操作系統。

(12)Forcite允許對1-4對缺失扭轉項進行1-4范德華標定。如果為扭轉項指定“忽略”，則Forcite始終完全標定1-4范德華相互作用，而不依賴于范德華1-4標定的選擇。

(13)當力場類型的序列是對稱時，某些力場函數形式在邏輯上要求某些參數相等。例如，當i和k原子具有相同類型時，拉伸-彎曲-拉伸相互作用的兩個常數必須相同。forcefield MaterialsScript API通過報告非法參數值組合的錯誤來強制執行這些約束。

(14)并行運行的長DFTB+分子動力學模擬在大量步驟后不再失敗。

(15) Amorphous Cell Packing可以正確檢查原點發生變化的結構中的環刺。

(16)將文檔導出到早期版本時，支持的早期版本列表已設置為Materials Studio 2020和更高版本。

(17)當嘗試選擇具有長名稱的力場時，Mesocite對話框中的力場瀏覽器不再報告錯誤。

(18) 當從結構文檔填充原子選項卡，然后在結構文檔關閉后關閉對話框時，反射粉末細化對話框不再報告場景中的錯誤。

(19)當從結構文檔填充原子選項卡，然后在結構文檔關閉后關閉對話框時，反射粉末細化對話框不再報告場景中的錯誤。

(20)FORCITE中的內聚能量密度計算任務可以正確處理負CED貢獻。

(21)CASTEP NMR結果文件現在已為大型系統(超過100個原子)正確格式化。

(22)COMPASSII中氫氧根陰離子的電荷已經修正。

(23)改進了生成臨時文件夾名稱的機制，以避免在運行CASTEP和QMERA作業時發生運行時沖突。

(24)Materials Studio現在可以正確設置DFT CASTEP計算的MBD*方法。

(25)使用默認參數對Morse勢進行的長程校正現在返回0。

(26)導入帶有很長注釋行的xyz文件時的Materials Studio錯誤已更正。

(27)Materials Studio現在使用更強壯的文件系統庫進行作業管理。

(28)Materials Studio阻止使用非共線自旋排列開始DFT+U CASTEP計算的嘗試。

(29)在安全網關上使用ReactiveFinder。

(30)修復一個bug，可以在同一次運行中進行拉曼分析后，分析結構演變以進行幾何優化。

(31)通過指定UseGPU腳本屬性，從命令行(即使用RunMatScript.sh)在GPU上使用Forcite和Mesocite運行腳本。

(32) FORCITE分析的MaterialsScript API散射函數的幫助主題不再表明散射波長屬性僅適用于中子輻射。

(33)可以在“珠類型”對話框中輸入較大的珠質量。

(34)可視化工具文檔中的示例TBL文件已修改為符合Materials Studio支持的格式。

(35)生成MS Martini 3 Forcefield和Bead Topology教程過程現在使用新引入的Materials Studio腳本菜單中的工具。

(36) Materials Studio聯機幫助中遠程網關網頁的參考圖像現已更新。

(37) 生成MS Martini 3 Forcefield和Bead Topology教程反映了Martini 3 Tools的最新改進，并展示了如何使用Materials Studio腳本菜單中提供的準備好的腳本。

(38)利用布里淵區的非Gamma k點采樣進行的CASTEP TD-DFT計算現已成功完成。

(39) 使用多個未優化結構和聲子頻率作為可觀測值的GULP力場擬合已經成功完成。

(40)COMPASSIII可以預測所有共振形式的呋氧嘧啶的平面幾何結構。

(41)o1-_type的一些默認鍵拉伸交互作用已添加到COMPASSIII中。

(42)FORCITE勢能成分分析現在可以用于基于xyz文件格式的軌跡文檔(xtd)。

(43)Pipeline Pilot協議作業的“作業完成”對話框現在顯示在Materials Studio Visualizer窗口的頂部。

(44)QSAR模型編輯器對話框現在根據允許的范圍正確檢查輸入。

(45) Adsorption Locator文檔清楚地描述了用于計算基質-吸附物構型能量的系統狀態。

(46) 在調試模式下運行某些特定腳本時，Forcite和Mesocite分析對話框偶爾遇到的錯誤已得到解決。

(47) 修正了六氟化硫和硫甲醛中的COMPASSIII相互作用。

(48)COMPASSIII中全氟烷的扭轉相互作用已經更新。

(49)腳本API F1幫助查找現在包含指向StudyTable類文檔的直接鏈接。

(50)“創建DPD力場”對話框現在生成的力場類型名稱為6個字符，而不是5個字符。

(51) 帶電片段之間的靜電力和范德華力的計算不再受到不連續性的影響。

(52)Forcite不再計算某些連續周期結構的不正確能量和力，這些結構具有標度為1-4的非鍵相互作用。

(53)Materials Studio安裝程序現在啟動之前安裝一些附加庫，這樣可以防止在安裝過程中發生錯誤。

(54)Forcefield Viewer的“類型”選項卡上的幫助主題現在包含一個指向描述如何創建和編輯類型的任務的鏈接。

(55) Berry phase極化的CASTEP計算結果輸出現在對計算值的輸出范圍使用正確的標簽。

(56)對于法語區域設置，MesoDyn計算對話框上的交互值現在格式正確。

(57)Forcite和Mesocite中的徑向分布函數分析現在將模塊名稱包含在為結構因子生成的圖表和研究表文檔中。

(58)“構建Mesostructure”對話框現在可以正確處理使用與可用大小寫不匹配的填充名稱。

(59)空間群221的長名稱先前錯誤地顯示為“PM-3M”,現在顯示正確的名稱“P4/M-32/M”。請注意,CrystalBuilder腳本API也接受了不正確的格式，因此可能需要更改腳本以使用短格式或正確的長格式。

(60)MaterialsScript文檔包含有關倒空間向量的信息。

(61)“力場首選項”對話框中，使用5個有效數字指定范德華和靜電1-4縮放因子時，這些因子現在將正確顯示。

(62)在“計算分子開關的最小能量路徑”DFTB+和DMol3教程中提供了一個示例結構。

(63)教程“計算分子開關的最小能量路徑”的說明已經改進。

(64)DFTB+參數對話框中網格分辨率下拉列表的刷新現在是正確的。

(65)反應路徑顯示protocol幫助，包括如何指定能量偏移以定制輸出的說明。

(66)Materials Studio在線幫助現在包含有關如何將3D模型文檔的全部內容用作MaterialsScript集合的信息。

4

已知缺陷：

(1)在某些情況下，大分子或大基組的DMol3 TD-DFT計算可能導致整數溢出。解決方法：使用較小的基組或在單個核心上運行。

(2)具有高激發密度的大系統的光學性質的CASTEP TD-DFT計算可能產生非物理介電函數和相關的光學性質。

(3)ONETEP生成的局部態密度圖表，目前抵消掉帶隙的一半。

(4)從Materials Studio 2021或2022導入*xms文件時報告了一個問題，某些對話框的設置未保留。